- Toutes les zones rurales situées à moins de 1 800 mètres d'altitude sont impaludées, mais le paludisme reste rare dans les villes. Les souches présentes sont très résistantes à la chloroquine en Amazonie (zone 3) et moyennement résistantes dans le reste du pays (zone 2).

- La dengue est présente dans tout le pays, y compris en ville.

- La fièvre jaune est endémique dans la vallée du Magdalena, la cordillère orientale, la région d'Uraba, l'Orénoque, l'Amazonie et les contreforts de la Sierra Nevada.

- Les personnes souffrant de maladies respiratoire, cardiaque ou d'hypertension artérielle peuvent se trouver incommodées par l'altitude et touchées par le mal des montagnes. - La tuberculose est fréquente dans le pays.

Systématiquement :

- Hépatite A : la vaccination est disponible pour les enfants à partir de l'âge d'un an. Pour les personnes nées avant 1945, ayant passé leur enfance dans un pays en développement ou ayant des antécédents d'ictère, une recherche préalable d'anticorps sériques (Ig G) peut permettre d'éviter une vaccination inutile. Hépatite B : la vaccination est disponible pour les enfants à partir de l'âge de deux mois.

- Diphtérie, tétanos, poliomyélite : à mettre à jour si nécessaire (rappel tous les dix ans).